Zwei Jahre nachdem Commander Shepard erfolgreich den Angriff von Reapern zurückdrängen konnte, die auf die Zerstörung allen organischen Lebens aus waren, bahnt sich nun ein neuer mysteriöser Feind an. Im Randgebiet des bereits erforschten Weltalls werden von etwas völlig Unbekanntem komplette Kolonien der Menschen entführt. Um diese Furcht einflössende und für die Menschheit größten Bedrohung aller Zeiten zu stoppen, liegt es nun an Shepard mit Cerberus zusammen zu arbeiten. Einer Organisation gewidmet dem rücksichtlosen Kampf für das Überleben der Menschheit.

Commander Shepard muss sich auf eine lebensgefährliche Mission begeben, gilt es nun für Shepard das Elite Team der Galaxie zusammenzustellen und das stärkste Schiff das jemals gebaut wurde zu kommandieren. Doch selbst damit, so sagen viele, sei dies purer Selbstmord. Commander Shepard möchte nun allen Zweiflern das Gegenteil beweisen.