Der Aufstand der Maschinen wird fortgesetzt. Die Maschinen sind mittlerweile auf den Weg zur letzten Zuflucht der Menschen vorgedrungen und es wird nicht mehr lange dauern, bis die Maschine zur unterirdischen Stadt Zion durchgestoßen sind. Die Lage ist brenzliger denn je, denn die Maschinen boren sich unaufhörlich durch das Bergmassiv, mit dem Ziel, die Rebellion der Menschen niederzuschlagen. Neo ist mittlerweile zum unbesiegbaren Agentenschreck aufgestiegen und fightet sich unaufhörlich durch die unterschiedlichsten Locations. Doch ihm bleiben nur noch wenige Tage um das große Unheil zu verhindern. Zum Ende hin, muss er ganz allein eine Entscheidung fällen, die das Leben aller Beteiligten verändern wird.