Die Schlacht um die Erde wurde im ersten Teil ausgetragen, doch nun geht der Kampf ums Universum los. Der tote "Körper" des bösen Decepticon Megatron wurde von einer Militärbasis gestohlen. Wiederbelebt und mit neuen Robotern als Verstärkung sucht er nach Rache, doch auch die Autobots finden neue metallische Verbündete.